Рассмотрим конструкцию
Контрагент В ИЕРАРХИИ (&СписокКонтрагентов)
Время выполнения запроса очень сильно увеличивается в случае, когда правое значение (&СписокКонтрагентов) не заполнено (в том числе пустая ссылка).
Происходит это по причине того, что платформа будет проверять является ли каждое левое значение (Контрагент) корневым по иерархии элементом.
Таким образом, если &СписокКонтрагентов пуст, то лучше всего исключит условие из текста запроса.
Ссылки
[1] https://www.mykib.org/tags/1s-8